O Centro de Excelência Jean Monnet é um dos Programas Jean Monnet  criados pela Comissão Europeia  e destinados a promover a valorização do ensino superior e a investigação científica de alto nível em matéria de integração europeia em qualquer parte do mundo.  Entre os Programas Jean Monnet ele é o mais exigente e, por isso, o mais difícil de ser obtido. É outorgado por concurso público de âmbito mundial. É atribuído a uma Universidade no seu conjunto, embora a candidatura possa ser apresentada por uma ou mais Faculdades ou por um ou mais Titulares de uma Cátedra Jean Monnet. Deste grau de exigência resulta que o Centro de Excelência só é concedido a Universidades de mérito já comprovado em matéria de integração europeia e que na respectiva candidatura demonstrem possuir capacidade e condições, designadamente a nível de meios humanos e científicos, para merecer essa distinção. Na sua atribuição é privilegiado o carácter pluridisciplinar do Centro. 

O Centro de Excelência da Universidade de Lisboa foi-lhe concedido através de uma candidatura sob o tema geral A União Europeia após o Tratado de Lisboa, o diálogo intercultural e a globalização, apresentada para o periodo de 2010 a 2015 pela sua Faculdade de Direito e tendo como seu Coordenador Académico o Professor Doutor Fausto de Quadros, Professor Catedrático daquela Faculdade e Titular de uma Cátedra Jean Monnet em Direito Constitucional e Direito Administrativo da União Europeia. Embora baseado naquela Faculdade o Centro de Excelência irá abordar a integração europeia numa perspectiva pluridisciplinar, atendendo às suas facetas jurídica, económica, social, cultural e de ciência política.

Como é natural, será dada especial atenção à nova União Europeia, criada pelo Tratado de Lisboa. Serão objecto de estudo e de investigação, através de aulas, cursos, seminários e conferências, nacionais e internacionais, nomeadamente, a maior participação dos povos e dos cidadãos dos Estados membros no exercício do poder a nível da União, o reforço da protecção dos direitos fundamentais, o novo sistema institucional e orgânico da União, o novo modelo social europeu como modelo de Economia Social de Mercado, a nova política económica, financeira e monetária da União, o novo âmbito do espaço de liberdade, segurança e justiça, as novas atribuições e políticas da União, dentro das quais se destacam a maior dimensão da acção externa da União a nível internacional, o diálogo intercultural, a ajuda humanitária e a protecção das minorias, o emprego, a emigração, o ambiente, as alterações climatéricas, a energia, a coesão económica, social e territorial, os novos desafios em matéria de segurança comum e de defesa, e será dada a devida importância ao modo como a União deve enfrentar hoje os desafios da globalização. Para tanto, o Centro de Excelência conta com um corpo de docentes e investigadores de alto nível, da Faculdade de Direito da Universidade de Lisboa, doutras Faculdades da mesma Universidade e doutras prestigiadas Universidades portuguesas e estrangeiras.

Dessa forma, o Centro de Excelência pretende dar satisfação à crescente procura que a Faculdade de Direito e a Universidade têm tido no estudo e na investigação nas matérias da integração europeia, a nível de licenciatura, de mestrado, de doutoramento e de pós-doutoramento, em Portugal e nas Universidades com as quais mantêm relações de cooperação na Europa (dentro e fora da União Europeia), na África, na América, particularmente na América Latina (sobretudo com o Brasil), na Ásia e na Oceania (com Timor-Leste).